Munkarna byggde upp en liten klosterstad och utgrävningar visar att de inte bara hade ett avancerat vatten- och avloppssystem, utan förmodligen även kanaler för värme och ventilation.
I slutet av 1200-talet var klosterkyrkan i Varnhem Sveriges allra största kyrkobyggnad. Verksamheten blomstrade i flera århundraden. Men i samband med reformationen på 1500-talet upphörde klosterverksamheten och kyrkan lämnades åt sitt öde. Magnus Gabriel de la Gardie lät restaurera kyrkan under 1600-talet och tack vare honom är den idag i gott skick. Själva klosterbyggnaderna fick däremot förfalla och inte förrän på 1920-talet började man gräva ut de gamla ruinerna. Klosterlivet är väl dokumenterat och i museet vid kyrkan finns bland annat en modell av den centrala klosteranläggningen samt intressanta bilder och texter.
Varnhems vackra kyrka är gravplats för den Erikska kungaätten som regerade under 1100- och 1200-talet. Här vilar också Stockholms grundare Birger Jarl, liksom kyrkans “räddare” Magnus Gabriel de la Gardie och hans maka Maria Eufrosyne.