Krig och bränder har härjat kyrkan under årens lopp, men den har trots allt stått kvar och rest sig ur grus, aska och förnedring.
Vid restaureringen 1947–1949 återfanns här en välbevarad krypta från 1100-talet och under renoveringen 1999, fann man dessutom stenrester som är äldre än så. Kryptan har efter den senaste ombyggnaden av kyrkan fått ett slaget kryssvalv och blivit ett vackert rum för andakt.
Under 1809–1810 försågs domkyrkan med platta torn och man tyckte då att de liknade ett par byxor. Därefter kallas tornen för Skara byxor, ett uttryck som lever kvar än i dag, trots att tornen ändrat utseende. Domkyrkan fick sin nuvarande gotiska stil under åren 1886–1894, och inredningen är unik.