Läget på kalkstenslagret med tunt jordtäcke, har tillsammans med betet, som pågått i många år, och det milda klimatet skapat speciella förutsättningar för den växtlighet som finns här. Naturtypen kallas alvar och återfinns endast på ett fåtal platser i världen. I Sverige finns den, förutom på Kinnekulle, också i Falbygden samt på Öland och Gotland. På våren växer orkidén Sankte Pers nycklar i stor mängd på heden vid kyrkan. Växterna på det tunna jordlagret är oftast små och kryper utmed marken, t.ex. backtimjan och olika fetknoppsarter. Här kan man också hitta den lilla sällsynta kalknarven med vita blommor, som bara finns här och på Gotland. Inom reservatet finns även lövskogar och kärr.
Ortocerkalkens understa skikt, undre rödstenen som Östeplana hed och vall är beläget på, är utformad som en markant klev (rödstenskleven), som kan ses runt hela Kinnekulle. Rödstenskleven är gräns för reservatet i öster med vackra vattenfall och rasbranter.