1340 flyttade nunnorna till gården Aranäs vid Kinnekulle, men de återvände snart till Gudhem som blev konventets hemvist fram till reformationen. 1529 lades klostret i aska genom vådeld och blev sedan aldrig återuppbyggt. Tack vare välgjorda konserveringsarbeten är det idag lätt att få översikt över hela klosteranläggningen. Ett klostermuseum är inrättat i närheten av Gudhems kungsgård.
Gudhems kloster nämns i Jan Guillous roman om hjälten Arn. Det var i Gudhems kloster som Arns fästmö Cecilia avlade sina 20 år av bot, medan Arn stred som tempelriddare. Bredvid museet finns en liten klosterträdgård med örter och medeltida rosor.